Pepe Vargas nasceu em Nova Petrópolis (RS), em 29 de outubro de 1958. Aos seis anos, sua família mudou para Caxias do Sul, município onde reside e iniciou sua militância política. É casado com Ana Maria Corso e pai de Isadora e Gabriela.
Iniciou sua militância política em 1974, aos 16 anos, apoiando as candidaturas do MDB, à frente da oposição legalizada contra a ditadura militar.
Em 1979 entrou para o curso de medicina na Universidade de Caxias do Sul. Durante a faculdade participou da campanha para a reconstrução da União Nacional de Estudantes (UNE) e da União Estadual de Estudantes (UEE). Foi presidente da Associação da turma de medicina e do Diretório Acadêmico dos Estudantes do Centro de Ciências Biológicas e da Saúde da Universidade de Caxias do Sul. Foi diretor da União Estadual de Estudantes do RS de 1982 a1984.
Pepe se filiou ao PT em 1981, tendo assumido a Secretaria Geral do Diretório Municipal de Caxias do Sul em 1983 e presidido o diretório municipal em duas ocasiões, 1987 e 2005.
Como médico, Pepe foi diretor clínico do Hospital Beneficente Nossa Senhora do Caravaggio, no município de Jaquirana (RS), onde atuou também na Pastoral Rural. Foi médico dos sindicatos dos Metalúrgicos, de Caxias do Sul, dos Têxteis, de Farroupilha e dos Trabalhadores do Polo Petroquímico do RS.
Em 1989 foi o primeiro vereador do PT eleito em Caxias do Sul. Em 1994 foi eleito deputado estadual. Presidiu a Comissão de Saúde e Meio ambiente do Legislativo gaúcho.
Em 1996 foi eleito prefeito de Caxias do Sul e reeleito em 2000. Na sua gestão, o município de Caxias do Sul passou a ser o melhor município em qualidade de vida do RS, segundo o Índice de Desenvolvimento Socieconômico (IDESE), da Fundação Estadual de Economia e Estatística.
Ainda recebeu diversos prêmios, entre eles a de “Melhores Práticas em Gestão Local”, da Caixa Econômica Federal e a de “Prefeito Amigo da Criança”, da Fundação Abrinq.
Em 2006 foi eleito deputado federal, sendo reeleito em 2010 e 2014. Presidiu a Comissão de Finanças e Tributação da Câmara dos Deputados e a Frente Parlamentar Mista das Micro e Pequenas Empresas. Desde o seu primeiro mandato, passou a integrar a lista dos 100 Cabeças do Congresso Nacional, organizada pelo Departamento Intersindical de Assessoria Parlamentar (Diap).
Assumiu o Ministério do Desenvolvimento Agrário (MDA), a convite da Presidente da República, Dilma Rousseff, em março de 2012, permanecendo até março de 2014, quando saiu para concorrer à reeleição.
Foi anunciado para assumir o comando da Secretaria de Relações Institucionais da Presidência da República (SRI), em 29 de dezembro de 2014. Tomou posse como ministro da SRI em 1º de janeiro de 2015.
