Filho de professores da rede pública estadual, Afonso Florence é mestre em História Social pela Universidade Federal da Bahia (UFBa). Foi diretor do Centro de Estudos Afro-Orientais (Ceao) e recebeu da Câmara Municipal de Salvador, em 2010, a Medalha Zumbi dos Palmares, por sua contribuição à luta contra o racismo, a discriminação e a intolerância.
Militante histórico do PT, Florence tem sua trajetória pautada nas lutas dos movimentos sociais. Entre 2007 e 2010, exerceu o cargo de secretário estadual de Desenvolvimento Urbano da Bahia, durante a primeira gestão do governo Jaques Wagner (PT).
Naquela função, desenvolveu a maior política pública de reforma urbana, habitação, água e saneamento da história do estado, além de coordenar programas para populações de baixa renda como o Casa da Gente e o Água Para Todos.
Em 2010, foi eleito para o primeiro mandato de deputado federal, obtendo 143.795 votos. No ano seguinte, licenciou-se do cargo para assumir o Ministério de Desenvolvimento Agrário (MDA), a convite da presidenta Dilma Rousseff. Fortaleceu a agricultura familiar e implantou a Política Nacional para povos e comunidades tradicionais.
Ainda à frente do MDA, Afonso participou da elaboração do Plano Brasil Sem Miséria e da Rede Brasil Rural; liderou o aperfeiçoamento do Programa Nacional de Fortalecimento da Agricultura Familiar (PRONAF), em especial do Mais Alimentos; e criou o Pac 2 Máquinas, maior programa de distribuição de máquinas e equipamentos rurais.
Na Câmara Federal, conseguiu a extinção do 14º e do 15º salário pagos a deputados e senadores, presidiu a Comissão Especial da PEC nº 215, que culminou no arquivamento da proposta e na defesa dos interesses das comunidades tradicionais, e conquistou a aprovação do marco regulatório das Organizações Não-Governamentais (ONGs), e do piso nacional dos Agentes de Saúde e Endemias.
Foi ainda presidente da Frente Parlamentar Mista em Defesa das Populações Extrativistas e dos Povos e Comunidades Tradicionais e coordenador da Frente Parlamentar em Defesa da Agroecologia e Produção Orgânica.
Em 2014 foi reeleito ao cargo de deputado federal obtendo mais de 83 mil votos. Em 2016, ele foi escolhido líder do PT na Câmara e assumiu a função até o ano de 2017, quando foi substituído por Carlos Zarattini (PT-SP).
